Интернет - приёмная
Иркутский государственный медицинский университет





2 июля 2020, ЧТ


ИГМУ на Яндекс 
Авторизация
Логин:
Пароль:

Авторизация доступна только пользователям портала.

Анкетирование обучающихся

ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ОЛИМПИАДА

Специализированный центр компетенции

Центр психологической помощи студентам ИГМУ

Аттестация медицинских работников


Иркутский государственный медицинский университет
НИИ Био-медицинских технологий


Полное наименование нового структурного подразделения:

на русском языке «Научно-исследовательский институт биомедицинских технологий Иркутского государственного медицинского университета»

на английском языке «Research Institute for Biomedical Technologies of Irkutsk State Medical University».

Сокращенное наименование: - на русском языке «НИИБМТ ИГМУ »

- на английском языке «RIBMTISMU».

Биотехнологии, которые освоены и на базе которых проводятся научные исследования

1.  В области молекулярной вирусологии и биотехнологии

А). Методами биоинформационного моделирования получены фундаментальные результаты рекомбинационной изменчивости вирусов: клещевого энцефалита (ВКЭ), гепатита С, вируса Зика, японского энцефалита, вируса Эбола.     

Б). Методами популяционной генетики и биоинформатики получены фундаментальные данные эволюция генотипов ВКЭ, выявлены специфичные иммуногенные эпитопы ВКЭ, гепатита В, позволяющие создавать вакцины нового поколения (ДНК-вакцины). Получены приоритетные результаты по исследованию действия строгих молекулярных часов по данным кодоновых структур гена Е вируса клещевого энцефалита. 

В). Методами математического моделирования рассчитаны сайты в белковых структурах ВКЭ, которые участвуют в формировании патогенного потенциала вируса.

Г). Ведутся исследования по созданию молекулярных детерминантов антивирусного внутриклеточного действия на основе CRISP/Cas9 технологии (РНК-гиды, специфичные к определенным участкам вирусов клещевого энцефалита и гепатита С).

2. В области молекулярной микробиологии и биотехнологии

А). Разработан приоритетный программный алгоритм поиска и анализа CRISPR/Cas-систем в геномных последовательностях бактерии. Посредством CRISPR/Cas технологии проводятся исследования по изучению структурно-функционального разнообразия CRISPR/Cas-систем патогенных бактерии родов:   Staphylococcus, Streptococcus, Escherihia, Klebsiella, Micoplazma, Yersinia, Rickettsia, Borrelia.

Б). Через CRISPR-кассеты исследуемых бактерии выявляются фаговые и плазмидные комплексы, с которыми данная бактерия встречалась. Это дает возможность отбирать штаммоспецифичные фаги, способные уничтожать данную патогенную бактерию (новые технологии для создания платформы персонализированной фаговой терапии).

В). Посредством программных биоинформационных методов получена приоритетная информация о новом виде Yersinia, который, скорее всего относится к виду, который пока не был секвенирован. Эволюция этого штамма была связана с горизонтальным переносом генов от других микроорганизмов.

3. Векторные технологии

А).   Ведутся исследования по созданию субстратно-векторных модулей на базе природных полисахаридов для доставки в бактериальные клетки антибактериальных средств (фагов, плазмид, бактериотоксинов, антибиотиков, пробиотиков, продуктов CRISPR/Cas9 технологии- РНК-гидов, позволяющих редактировать геномы бактерии).

Б).  Проводятся исследования по созданию векторных модулей (на базе природных мембранотропных полисахаридов) для доставки в инфицированные клетки организма антивирусных детерминантов, созданных посредством  CRISPR/Cas9 технологии- целевые РНК-гиды, позволяющие целенаправленно уничтожать вирусные геномы внутри клеток. Работы ведутся со следующими вирусными агентами: вирусом клещевого энцефалита, гепатита С, гепатита В. 

Научно-исследовательская кооперация с научно-образовательными и клиническими учреждениями.

1. Заключен договор о научном сотрудничестве с Институтом эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, С. Петербург на период с 2015-2017 г.г. Институт им. Пастера на собственные средства проводит подготовку коллекционных штаммов бактерии рода Yersinia для ПЦР амплификации и сиквенса и расшифрованный материал представляет сотрудникам НИИ БМТ ИГМУ для биоинформационного и CRISPR/Cas анализа. За время работы по договору Институт им. Пастера расшифровал два полных геномов Y. pseudotuberculosis (по 4.8 млн. нуклеотидов каждая) и 30 фрагментов генов нескольких видов  Yersinia. Стоимость данной работы оценивается в 700 тысяч рублей.

2. Заключен договор о научном сотрудничестве с Иркутским противочумным институтом Сибири и Дальнего Востока  (ИПЧИ) на период с 2016-2018.г.г. в рамках договора ИПЧИОбязуется за свой счет проводить ПЦР амплификацию и полногеномный сиквенс коллекционных штаммов для передачи сотрудникам НИИ БМТ ИГМУ расшифрованных последовательностей для проведения биоинформационного и CRISPR/Cas анализа штаммов рода Yersinia.

3. Идет обсуждение о научном сотрудничестве с Институтом Пастера в Париже. Согласовываются целевые форматы сотрудничества в области биоинформационных и  CRISPR/Cas-технологии. Готовится совместный проект гранта в системе ASIP (система гарнтовских конкурсов между глобальными Институтами им. Пастера). 

4. Идет подготовка договора о сотрудничестве с Иркутским институтом химии СО РАН на предмет совместной разработки мембранотропного векторного модуля на основе природных полисахаридов. Векторный модуль будет использоваться для доставки в клеточные структуры антивирусных (против вирусов гепатита С, В, клещевого энцефалита)  и антибактериальных молекулярных детерминантов (фагов, плазмид, бактериотоксинов, антибиотиков, пробиотиков, продуктов CRISPR/Cas9 технологии- РНК-гидов).

5. Ведется совместная работа по теме вируса клещевого энцефалита с ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека», Лимнологическим институтом СО РАН (Иркутск), Институтом химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (Новосибирск), Институтом ветеринарии АН Республики Чехия, Институтом микробиологии бундесфера (Мюнхен, Германия),

6. Проводятся совместные биоинформационные исследования по вирусным и бактериальным объектам с сотрудниками Центра биоинформатики  Университета Претории (ЮАР).

7. Готовится договор о сотрудничестве с Ивано-Матренинской детской клинической больницей г. Иркутска на предмет проведения научных исследований с предоставляемым ими клиническим материалом, по изучению роли бактериальных инфекций в развитии патологических состояний детей.

 

Наукометрические показатели деятельности сотрудников лаборатории молекулярной вирусологии и биотехнологии НИИ БМТ ИГМУ

1. За рассматриваемый период было подготовлено 132 публикации общим объемом в 515 страниц, из которых:

- 50 статьей, индексируемых ВАК;

- 80 тезисов, опубликованных в сборниках и журналах российских и зарубежных конференции;

-   опубликованы 2 монографии (из них один - Злобин В.И. и др., 2016 г.);

- созданы две полезные модели на базе компьютерных программ;

- двое сотрудников участвуют в грантовских проектах: Степаненко Л.А. –проект гранта РФФИ-Монголия (350 тысяч рублей в год); Джиоев Ю.П. – РФФИ, РАН, РНФ на общую сумму 6,6 миллиона рублей в год.

- участвовали в работе 6 российских конференции с 8 устными и 12 постерными докладами;

- участвовали в работе 8 международных конференции с 10 устными и 15 постерными докладами.

Прикомандированные к НИИ БМТ ИГМУ аспиранты и их научные исследования, проводимые на базе института: 

1. Перетолчина Н.П. - Определены: тема кандидатской дисертации "Генетические и эпидемиологические аспекты СRISPR/Cas-системы у бактерий рода Yersinia, циркулирующих в различных экосистемах", цель и задачи. Представлен план диссертации. Руководитель - директор НИИ БМТ Злобин В.И., научный консультант - в.н.с. Джиоев Ю.П. 

2. Борисенко А.Ю. -Определены: тема кандидатской дисертации "Молекулярно-генетический и биоинформационный скрининг вирулентных бактериофагов Staphylococcus aureus на основе анализа механизмов  антагонистического взаимодействия между системами  CRISPR/Cas бактерии и анти-CRISPR фагов", цель и задачи.Представлен план диссертации. Руководитель - директор НИИ БМТ Злобин В.И., научный консультант - в.н.с. Джиоев Ю.П.

 Проводятся исследования по выявлению и количественному определению ДНК метициллин-чувствительного и метициллин-резистентного Staphylococcus aureus, метициллин-резистентных  коагулазонегативных Staphylococcus spp. методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией (ответственный исполнитель - с.н.с. Степаненко Л.А.).

3. Киселев Д.О. -Определены: тема кандидатской дисертации "Молекулярная эпидемиология, филогения и филогеография вируса клещевого энцефалита в природных очагах юга Сибири", цель и задачи. Представлен план диссертации. Руководитель - директор НИИ БМТ Злобин В.И., научный консультант - в.н.с. Джиоев Ю.П.

Проводятся исследования по выявлению и дифференциации возбудителей инфекций, передающихся иксодовыми клещами в биологическом материале  методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией: РНК TBEV (вируса клещевого энцефалита), Ehrlichia chaffeensis / Ehrlichia muris (возбудителей моноцитарного эрлихиоза человека), ДНК  Anaplasma phagocytophilum (возбудителя гранулоцитарного анаплазмоза человека), РНК Borellia burgdorferi sl (возбудителя иксодовых клещевых боррелиозов) (ответственный исполнитель - с.н.с. Степаненко Л.А.).

4. Филиппова А. -  выявление и типирование ДНК вирусов простого герпеса I и II типов (HSV I и HSV II) в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР)  с гибридизационно-флуоресцентной детекцией (ответственный исполнитель - с.н.с. Степаненко Л.А.).. 

5. Михайлова М.- выявление РНК вируса гепатита С (HCV), РНК вируса гепатита D (HDV) и ДНК TTV в сыворотке крови методом полимеразной цепной реакции (ПЦР)  с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. Определения однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) rs8099917 и rs12979860 в гене Интерлейкин-28B (IL28B) в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Определение Ig Ig G к TTV и HGV методом ИФА (ответственные исполнители - с.н.с. Степаненко Л.А. и с.н.с. Колбасеева О.В.).

  

 
По всем вопросам, связанным с работой корпоративной информационной системы ИГМУ, обращаться: Отдел информационных технологий и информационной безопасности ИГМУ.